生物過濾工藝采用了液體吸收和生物處理的組合作用。臭氣首先被液體（吸收劑）有選擇地吸收形成混合污水，再通過微生物的作用將其中的污染物降解。污染物去除的實質(zhì)是以臭氣作為營養(yǎng)物質(zhì)被微生物吸收、代謝及利用。這一過程是微生物的相互協(xié)調(diào)的過程，比較復雜，它由物理、化學、物理化學以及生物化學反應(yīng)所組成。
生物除臭可以表達為：
污染物 + O2→細胞代謝物 + CO2 + H2O

微生物除臭過程分為三步：

（1）臭氣同水接觸并溶解到水中；
（2）水溶液中的惡臭成分被微生物吸附、吸收，惡臭成分從水中轉(zhuǎn)移至微生物體內(nèi)；
（3）進入微生物細胞的惡臭成分作為營養(yǎng)物質(zhì)為微生物所分解、利用，從而使污染物得以去除。